高通量测序技术实现肺癌多类型基因突变检测

  • 作者:白毅
  • 来源:中国医药报
  • 2016-03-09 10:29

   近日,广州医科大学第一附属医院何建行教授团队联手华大基因,提出基于BGISEQ-100平台的DNA高通量测序技术,可对肺癌多个靶点进行准确、快速、全面的检测,指导医生制定靶向药物治疗方案,使患者用药更安全有效。

  肺癌是我国发病率最高的肿瘤,传统的治疗方案是根据医生的临床经验和患者的临床病理特征来选择治疗药物,主要以含铂双药化疗为主。随着肿瘤分子机制研究的不断发展,靶向药物治疗以其针对性强、疗效高、毒性低等特点渐渐成为晚期肺癌治疗的首选,例如针对EGFR、ALK、ROS1、BRAF等基因特定突变的TKI药物。靶向治疗依赖于药物靶点基因的突变检测。但目前临床上的检测技术都存在局限性,比如FISH检测的成本贵,通量低;ARMS PCR检测的位点少,通量低;digital PCR检测仪器和试剂成本昂贵等。因此,靶向用药治疗需要一个准确、快速、全面、实惠的检测技术。

  在该项研究中,研究团队率先设计出一款可检测肺癌个体化治疗相关基因的测序芯片(包含肺癌发生发展相关的145个基因),并开发出一套可识别多种基因突变类型(包括SNVs、InDels、CNVs、Fene Fusions)的算法,并在回顾性FFPE样本和肿瘤阳性细胞株中验证了该检测技术的准确性和灵敏度。

  临床评估结果显示:在61例非小细胞肺癌样本的回顾性验证中,该检测结果与临床常规检测结果完全一致,准确性达到100%,并且可以检测到突变频率在3%以上的所有突变位点,具有较高的灵敏度。随后,在58例非小细胞肺癌患者的临床应用中,43例患者检出至少1个突变位点。与现有的临床检测技术相比,该技术平均可以检出1.4倍的突变位点,检测结果更全面。

  研究团队还在信息分析软件中集成了一个靶向药物用药数据库,数据库包括目前国际和国内普遍认可的靶向药物的用药指导内容。另外,该信息分析软件还实现了从数据下机、临床解读,到检测报告生成等步骤的自动化。该检测技术可实现组织样本的快速检测——6天内完成从样本采集到给出用药指导的所有步骤。

(责任编辑:)

分享至

×

右键点击另存二维码!

网民评论

{nickName} {addTime}
replyContent_{id}
{content}
adminreplyContent_{id}